SK. Pekan Keningau II merupakan salah sebuah sekolah yang terletak didalam Zon Pegalan di daerah Keningau, Sabah . Sekolah ini dibuka pada tahun 2006 dimana pada ketika itu semua murid berada di tahap satu iaitu tahun satu dan dua sahaja.
Sekolah ini mempunyai satu sesi persekolahan sahaja dan merupakan sekolah yang mempunyai paling ramai murid dan guru beragama Islam di daerah Keningau. Antara institusi kerajaan yang terletak berhampiran dengan sekolah ini ialah,Institut Pendidikan Guru (IPG) Kampus Keningau, Pusat Latihan Dakwah Keningau (PLDK) dan juga Sekolah Hendry Gurney. Antara sekolah lain yang turut terletak berhampiran dengan SK. Pekan Keningau II ialah SKJ (C) Cheng Min dan juga SK. Ansip.
Guru Besar pertama bagi sekolah ini ialah Encik Wahanin bin Ismail dan beliau merupakan anak jati kelahiran daerah Keningau. Pada tahun 2006 bilangan tenaga pengajar tidak melebihi 20 orang tetapi kini bilangannya sudah bertambah kepada lima lima
SK. Pekan Keningau II turut dilengkapi dengan kemudahan-kemudahan asas seperti dewan sekolah, pejabat am,bilik guru,makmal Sains,pusat sumber,bilik tayangan,makmal komputer,surau,bilik agama,bilik kaunseling,bilik disiplin,bengkel Kemahiran Hidup dan lain-lain lagi bagi memastikan proses pengajaran dan pembelajaran dapat dijalankan dalam suasana yang cukup kondusif.
SK. Pekan Keningau mempunyai murid yang amat cemerlang dalam bidang sukan khususnya sukan ragbi yang telah berjaya mengharumkan nama sekolah di peringkat kebangsaan. Dari aspek kurikulum pula, prestasi yang ditunjukkan oleh calon sulung Ujian Penilaian Sekolah Rendah (UPSR) 2010 amatlah memberangsangkan dimana peratus murid yang lulus semua matapelajaran mencapai tahap 83 peratus dan dua orang murid telah berjaya mendapat A bagi kelima-lima subjek UPSR.
